Первые произведения Евгения Войскунского были посвящены войне — годам его фронтовой молодости, пришедшимся на Великую Отечественную. Это естественно: кто лучше него — капитана 3-го ранга, кавалера двух орденов Красной Звезды, участника обороны Ханко и Ленинграда, — мог рассказать о людях военных будней, приближавших Победу. Но широкую известность автору принес роман «Экипаж „Меконга“», созданный вместе с двоюродным братом Исаем Лукодьяновым и снабженный подзаголовком: «Книга о новейших фантастических открытиях и старинных происшествиях, о тайнах Вещества и многих приключениях на суше и на море». Вышедшая в начале 1960-х, эта книга стала заметным событием в отечественной фантастике и, наравне с произведениями Ивана Ефремова, братьев Стругацких, Кира Булычева и других признанных мастеров жанра, завоевала большой читательский успех. Затем появились новые книги в популярном направлении. Но времена меняются: не стало соавтора, ломалась сама эпоха, а суровая реальность современности отодвинула фантастику на второй план. В последующих романах Войскунский уже не пишет о «тайнах Вещества» и рискованных странствиях — он вновь обращается к прежней, военной теме, к «приключениям» (если их можно так назвать) подлинным, прожитым им самим и определившим его судьбу. «Кронштадт», «Мир тесен», «Румянцевский сквер» и другие книги Войскунского рассказывают о стойкости и отваге балтийских моряков, о подвиге ленинградцев, выдержавших блокаду; в них особенно отчетливо звучат ключевые для автора понятия — долг, родина, личная ответственность перед настоящим и будущим. Однако высшей точкой его военной (и шире — жизненной) прозы стал эпический роман «Балтийская сага» — последняя книга в творческой биографии писателя: широкая панорама и попытка осмыслить новейшую русскую историю через судьбы нескольких поколений ленинградцев, связавших свою жизнь с флотом.